20th Century Boys raconte l’histoire de Kenji, un ancien rockeur devenu gérant d’une supérette, dont le passé refait surface lorsqu’une mystérieuse secte menée par “Ami” semble réaliser un scénario imaginé par lui et ses amis pendant leur enfance. Entre thriller, science-fiction et drame psychologique, le manga explore l’amitié, la mémoire et les dangers du fanatisme.

Kenji est un commerçant tranquille qui a repris et transformé le magasin familial. Son seul problème est la fille de sa sœur, que cette dernière lui a confiée avant de partir. Mais voilà qu'un jour, la police vient l'interroger sur la disparition de la famille de l'un de ses clients. Le seul indice étant un mystérieux symbole dessiné à côté d'une porte. Kenji ne se sent pas spécialement concerné jusqu'au jour où Donkey, un ami d'enfance, lui demande s'il se souvient de ce même symbole. Kenji explore alors la vie de Donkey, son passé et celui du groupe d'amis dont il faisait partie dans sa jeunesse. Il découvre bientôt l'existence d'une organisation clandestine que dirige l'énigmatique Ami et qui utilise le symbole lié au passé de Kenji comme signe de ralliement.